先週気持ちがすれ違ってしまったハルヒとキョン。キョンの方はあまり気にしてはいないようですがハルヒの方はどうやらだいぶ気にしているようで、教室で体操服姿でいたり部室でバニーに着替えたりとキョンの気を引こうと必死です。そして、キョンと朝比奈さんがじゃれあっているのを見てしまいその思いの暴走はとうとう前回古泉とキョンが入った物とは比べ物にならないほどの規模の閉鎖空間を発生させてしまいます。しかも、そこに存在するのはハルヒとキョンの二人だけ。まさにハルヒの潜在的？な願望を具現化したような世界です。
ＳＯＳ団の残りのメンバーの特殊能力をもってしてもほとんど干渉できないその世界にさらに神人まで現れて暴れ始めます。崩れだす校舎。逃げる二人。しかし、ハルヒは無意識にそれが自分が作り出したものだということが分かっているかのようで脅威には感じていません。
まるで、キョンと二人で迷い込んだ自分の待ち望んでいた不思議な現象の舞台装置であるかのようにむしろ楽しみだしていました。

しかし、キョンは宇宙人や未来人、超能力者の存在する面白い方向に進みだした日常へ戻ることを望みました。
朝比奈さん大と長門からもらった２つのヒントから導かれた方法と、「ポニーテール萌え」という言葉と共に二人は元の世界に戻りました。
翌日学校には髪を無理やりポニーテールにしたハルヒと、ＳＯＳ団のメンバーがそろっていました。そして始まっていく少し不思議なメンバーと過ごす面白い日常。


と、まあ最終回はこんな感じだったんですが、ラストシーン　キョンはハルヒにＳＯＳ団メンバーの素性を明かそうとしているのですが、よく考えると時系列的にはこれより後になるはずの短編の話でハルヒが気が付いている様子がないということは・・・　もうお分かりですねｗ
自分は原作既読ですが、あえて答えは言いませんご想像にお任せします

ちなみにこの話を見た後に正しい話数順に見てみると「涼宮ハルヒの退屈」でハルヒが朝比奈さんをポニーテールにしようとしてキョンの視線に気づいてやめたシーンの意味が分かったりと色々新しい発見があるので楽しいですよ。